Τα αρχεία που φυλάσσονται στα Γ.Α.Κ.- Αρχεία Ν. Ηρακλείου καλύπτουν την όψιμη περίοδο της Τουρκοκρατίας (1880-1898), την περίοδο της Αυτονομίας (1900-1913) και την περίοδο από την ένωση της Μεγαλονήσου έως το 2000.
Σύμφωνα με το σύστημα που ακολουθείται στα Γενικά Αρχεία του Κράτους, κάθε αρχείο μετά την εγγραφή του στο Βιβλίο Εισαγωγής εντάσσεται στην ομάδα αρχείων στην οποία ανήκει (Ειδικό Ευρετήριο). Η ομαδοποίηση γίνεται με δελτία, είναι δε θεωρητική και όχι φυσική.
Έχουν προβλεφθεί οι εξής ομάδες:

• Διοικητικά: υπηρεσίες Νομαρχιών / Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης και γενικότερα υπηρεσίες δημόσιου τομέα.
• Εκπαιδευτικά: σχολεία - σχολές - εκπαιδευτικά ιδρύματα.
• Δικαστικά: δικαστικές αρχές.
• Συμβολαιογραφικά: Συμβολαιογράφοι.
• Δημοτικά: οργανισμοί τοπικής αυτοδιοίκησης.
• Ιδιωτικά αρχεία και συλλογές: αρχεία ιδιωτικών φορέων, προσωπικά αρχεία, ιδιωτικές συλλογές (βλ. άρθρο 4 Ν. 1946/1991).
• Εκκλησιαστικά

 Το αρχειακό υλικό των Γ.Α.Κ.- Αρχείων Ν. Ηρακλείου περιλαμβάνει τις εξής ομάδες αρχείων:

• Εκπαιδευτικά Αρχεία σχολικών μονάδων πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης των νομών Ηρακλείου και Λασιθίου,
• Αρχεία Υποθηκοφυλακείων των νομών Ηρακλείου και Λασιθίου,
• Συμβολαιογραφικά Αρχεία, συμβολαιογράφων των νομών Ηρακλείου και Λασιθίου,
• Διοικητικά Αρχεία,
• Δικαστικά Αρχεία δικαστικών υπηρεσιών του νομού Ηρακλείου,
• Αρχεία  Οργανισμών Τοπικής Αυτοδιοίκησης,
• Ιδιωτικές Συλλογές.

Τα περισσότερα από τα ανωτέρω αρχεία είναι ταξινομημένα και προσβάσιμα στο κοινό. Για τα ταξινομημένα αρχεία έχουν συνταχθεί ευρετήρια (συνοπτικά και αναλυτικά), γεγονός που τα καθιστά με ευκολία προσιτά στην έρευνα.

Αρχείο Υποθηκοφυλακείου Ηρακλείου. Μεταγραφή του υπ' αριθμ. 2.404/28-1-1882 συμβολαίου, του Συμβολαιογράφου Ηρακλείου Γεωργίου Λαδά

Αρχείο  συμβολαιογράφου Ηρακλείου Εμμ. Ξανθουδίδη. Συμφωνητικό μίσθωσης υπ' αριθμ. 19.456/2-2-1902